Génomique des cellules souches

Le RCS a pu mettre en œuvre son projet de génomique des cellules souches grâce à son approche collaborative dans le domaine de la recherche. Le choix de recourir à un centre unique pour réaliser des analyses standardisées des centaines de lignées de cellules souches a permis la constitution d’une base de données et de métadonnées consultée par des milliers de chercheurs dans le monde.

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Afin de bien cerner les facteurs génétiques qui déclenchent la spécialisation des cellules souches, le Réseau des cellules souches a rassemblé une grande équipe de cerveaux devant unir leurs efforts de recherche scientifique. Lancé en 2001, le projet de génomique des cellules souches a permis la constitution de bases de données génomiques parmi les plus importantes au monde, dans lesquelles les chercheurs peuvent trouver les caractéristiques génétiques des cellules souches. La base de données StemBase (www.stembase.ca) a pu être constituée grâce au maillage collaboratif du RCS et grâce aussi à la décision de faire appel à un centre unique pour réaliser des analyses standardisées de centaines de lignées de cellules souches. Des milliers de chercheurs au Canada et ailleurs dans le monde peuvent se servir des données et des métadonnées pertinentes se trouvant dans cette base de données.

Le projet de génomique des cellules souches a en outre constitué la pierre d’assise du Consortium international du régulome, un organisme dont la paternité revient au Canada et qui a vu le jour en 2006 avec le mandat de faire la cartographie du régulome, c’est-à-dire du « microprocesseur » chargé de déterminer comment le génotype s’exprimera pour former et faire fonctionner tel ou tel type de cellules. Les membres du Consortium, qui provenaient du Canada, de la France, de l’Allemagne, des Pays-Bas, de Singapour, du Royaume-Uni et des États-Unis, ont collaboré entre eux pour caractériser, cerner et vérifier les facteurs de régulation de la transcription des gènes. Leurs observations ont été consignées dans la base de données StemBase.

Utilisée dans plus de 36 pays, la base de données issue du projet de génomique des cellules souches du RCS est devenue une ressource mondiale très importante pour l’ensemble de la recherche scientifique sur les cellules souches.

Retombées

  • StemBase fut, à son apogée, la plus grosse base de données au monde sur la génomique des cellules souches. Elle contenait 217 échantillons provenant de 62 expériences. Plus de 700 utilisateurs inscrits s’en servaient, un peu partout sur la planète.
  •  Le Consortium international du régulome a vu le jour à l’initiative du Canada, avec un financement de 140 millions de dollars.

Information complémentaire

  • Rapport annuel 2001-2002, p. 9
  • Rapport annuel 2002-2003, p. 1
  • Rapport annuel 2005-2006, p. 4