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Atelier d’analyse des données RNA-seq

Date limite pour s’inscrire : 14 mars 2024
Date de commencement : 1 ou 8 mai 2024
Endroit : EN LIGNE
Langue : anglais

Le processus de candidature est maintenant clos.

*Veuillez prendre note que le masculin est ci-après utilisé sans aucune discrimination et uniquement dans le but d’alléger le texte.

Les technologies de séquençage de l’ARN (RNA-seq) constituent un outil important pour la recherche biomédicale, notamment pour déterminer les mécanismes moléculaires qui régissent le devenir des cellules souches. Ce cours intensif permettra d’acquérir des connaissances théoriques et des compétences pratiques pour l’analyse des données RNA-seq en masse et en cellule unique.

Le Réseau de cellules souches (RCS) est heureux de proposer à nouveau le populaire atelier sur l’analyse des données RNA-seq, qui comprendra des séances couvrant à la fois les données RNA-seq en masse et en cellule unique. Pour pouvoir accueillir plus de participants, nous organisons en 2024 deux séries de séances d’atelier sur les données RNA-seq.

  • Série 1 : 1 et 2 mai 2024 (3 mai 2024, séance supplémentaire sur invitation)
  • Série 2 : 8 et 9 mai 2024 (10 mai 2024, séance supplémentaire sur invitation)

Les participants assisteront à l’une des deux séries de séances. De plus, les personnes qui n’ont pas une connaissance approfondie de R seront encouragées à suivre le tutoriel en ligne sur R avant le début de leur série de séances – les détails sur le tutoriel en ligne sur R seront communiqués aux candidats retenus. Pour chacune des séries de séances, une troisième journée facultative sera offerte, sur invitation seulement, aux stagiaires disposant de leurs propres données RNA-seq. Ces journées (3 et 10 mai) seront consacrées à l’analyse de ces données. Un soutien interactif sera fourni en ligne par les instructeurs de l’atelier.

Qui devrait y assister?
Cet atelier d’analyse des données RNA-seq s’adresse aux biologistes des cellules souches (et autres utilisateurs finaux) qui cherchent à comprendre les concepts et processus bioinformatiques utilisés pour acquérir, analyser et interpréter les données RNA-seq en masse et en cellule unique.

Objectifs d’apprentissage de l’atelier
Par le biais de cours interactifs et d’exercices en laboratoire informatique, les participants se familiariseront avec l’acquisition et l’analyse des données RNA-seq et acquerront une expérience pratique en analyse de ces données. Le contenu du cours est axé sur les données RNA-seq, mais de nombreux éléments seront applicables aux données obtenues à partir d’autres plateformes telles que ChIP-seq et la spectrométrie de masse.

Les participants à l’atelier acquerront :

  • une compréhension de base des technologies RNA-seq en masse et en cellule unique;
  • une formation sur la manière de générer des listes de gènes différentiellement exprimés à partir de données RNA-seq brutes;
  • une compréhension des différents tests statistiques utilisés pour analyser les ensembles de gènes;
  • une expérience de l’utilisation des outils d’analyse d’enrichissement fonctionnel;
  • une expérience en analyse des données RNA-seq en cellule unique.

L’atelier est organisé par William Stanford, Ted Perkins, David Cook et la Plateforme de bioinformatique d’Ottawa (Ottawa Bioinformatics Core Facility).


Le RCS est heureux d’offrir un certificat attestant que vous avez participé à cette activité. Pour être admissible à recevoir ce certificat, les participants doivent :
  1. avoir assisté à l’ensemble de l’atelier;
  2. avoir répondu au sondage post-activité.

À noter : ce certificat est un document qui atteste que vous avez participé à une activité de formation. Il ne s’agit pas d’une accréditation, puisqu’il n’est pas délivré sur la base d’une preuve d’apprentissage ou d’acquisition de connaissances.

Dates et renseignements importants

L’atelier sera offert en deux séries de séances en ligne; chaque participant n’assistera qu’à une seule série de séances. La troisième journée de chaque série de séances sera offerte sur invitation seulement aux stagiaires disposant de leurs propres données RNA-seq. Ces séances supplémentaires (3 et 10 mai) seront consacrées à l’analyse de ces données. Dans le cadre de ces séances, un soutien interactif sera fourni en ligne par les instructeurs de l’atelier.

Dates/heures (chaque atelier de 11 h à 17, HE)

Dates de la 1re série de séances : 1 et 2 mai 2024 (séance supplémentaire sur invitation le 3 mai 2024)
Dates de la 2e série de séances : 8 et 9 mai 2024 (séance supplémentaire sur invitation le 10 mai 2024)

De plus, les participants à l’atelier qui n’ont pas une connaissance approfondie de R seront encouragés à suivre la séance de tutoriel en ligne sur R avant le début de leur série de séances – les détails de la séance de tutoriel en ligne sur R seront communiqués aux candidats retenus.

REMARQUE : Le nombre de places disponibles est limité. Les candidats retenus seront répartis entre les deux séries de séances. Tous les candidats sont encouragés à se rendre disponibles pour les deux séries de séances afin d’optimiser leurs chances d’être acceptés. Il est important de noter que bien que le RCS couvrira les frais d’inscription des personnes qui auront achevé l’atelier, des frais s’appliqueront pour les participants inscrits qui n’auront pas réussi à terminer l’atelier (voir les conditions ci-dessous).

Comment présenter une demande

  1. Remplissez le formulaire de demande ici au plus tard le jeudi 14 mars 2024, à 23 h 59 (heure de l’expéditeur).
  2. Le Comité de formation et d’éducation du RCS examinera toutes les demandes remplies et les candidats seront informés des résultats du concours au début d’avril. L’avis d’acceptation des candidats comprendra un lien permettant de s’inscrire et de participer aux séances d’atelier.
  3. Vous devez fournir une lettre d’appui de votre superviseur actuel expliquant comment votre participation profitera à vos recherches et à l’ensemble du programme de recherche de votre laboratoire. Pour les stagiaires du RCS : la lettre du superviseur devra être envoyée par courriel directement à trainingSCN@stemcellnetwork.ca en même temps que vous soumettez vos documents de demande. Un courriel de confirmation sera envoyé par le RCS dans les 24 heures suivant la réception de la lettre d’appui. Si AUCUN courriel de confirmation N’EST reçu du RCS dans les 24 heures suivant la transmission de la demande, il incombera au demandeur de communiquer avec le RCS et de s’assurer que tous les documents liés à sa demande ont été reçus par le RCS.

Admissibilité

  • Pour présenter une demande, il faut être un stagiaire ou un travailleur hautement qualifié (THQ) (c.-à-d. un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien de recherche travaillant actuellement sur un projet de recherche dans le domaine des cellules souches et de la médecine régénératrice dans un laboratoire canadien). Les candidats non universitaires peuvent présenter une demande, mais les candidats universitaires auront la priorité. Tous les candidats non universitaires devront acquitter des frais de 700 $.
  • Si vous n’êtes pas certain d’être considéré comme un stagiaire/THQ, veuillez communiquer par courriel à l’adresse trainingSCN@stemcellnetwork.ca, afin de confirmer votre statut.
  • Les demandeurs doivent clairement démontrer qu’ils appliqueront dans l’année qui suivra l’atelier les techniques apprises au cours de l’atelier dans le cadre de leurs propres projets de recherche sur les cellules souches.

Conditions

  • Les participants devront avoir à leur disposition un ordinateur muni d’un microphone (et facultativement d’une caméra) et avoir accès à une connexion Internet haute vitesse. Les participants devront également télécharger des outils informatiques gratuits avant de participer à l’atelier et seront informés des logiciels requis après leur inscription à l’atelier. Les participants devront prévoir un second moniteur ou écran pour pouvoir utiliser les outils informatiques et visionner la séance d’atelier simultanément.
  • Le nombre de places pour cette formation est limité. Le RCS remboursera les frais d’inscription à cet atelier (payés directement aux organisateurs) pour les personnes qui auront participé à toutes les séances et qui auront terminé tous les éléments du contenu en ligne au cours de la période prescrite. Dans le cas des personnes qui n’auront pas réussi à participer à toutes les séances ou à terminer tout le contenu de l’atelier, des frais de 700 $ seront chargés à leur superviseur pour couvrir les coûts associés à la prestation de cette formation.
  • En échange de leur participation à l’atelier, les participants doivent accepter de remplir un sondage décrivant la valeur des occasions de formation et de réseautage offertes grâce à la subvention. Ces informations seront utilisées à la discrétion du RCS, sur son site Web, dans ses bulletins d’information et dans le but de faire rapport à ses organismes subventionnaires. De plus, en s’inscrivant à cet atelier, les participants acceptent par le fait même de se faire photographier pendant l’atelier; ces photographies pourront être utilisées dans les documents mentionnés ci-dessus.

Questions :
Pour toute question concernant cet atelier ou la demande d’inscription, veuillez communiquer à l’adresse trainingSCN@stemcellnetwork.ca

 

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