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Notions de base du langage R pour les bioscientifiques

Remarque : Cet atelier sera tenu en ligne et se déroulera en anglais.

Le processus de candidature est maintenant clos.

Le traitement de grands ensembles de données biologiques est désormais une activité de routine pour les chercheurs dans les domaines du cancer et de la médecine régénératrice. R est un langage de script populaire qui est devenu un outil commun pour la gestion des ensembles de données biologiques, mais la flexibilité et la puissance de R peuvent être difficiles à maîtriser pour les nouveaux utilisateurs. Afin d’aider les chercheurs, BioCanRx et le Réseau de cellules souches se sont associés pour offrir un atelier d’initiation en plusieurs séances qui permettra aux scientifiques d’acquérir les connaissances fondamentales nécessaires pour utiliser R dans leurs travaux. L’atelier s’adresse aux chercheurs qui ont peu ou pas d’expérience en programmation.

Qui devrait participer?
Cet atelier sur le langage R est conçu pour les stagiaires de recherche des domaines de l’immunothérapie contre le cancer et de la médecine régénératrice qui cherchent à comprendre le langage de script R et comment l’utiliser pour analyser des ensembles de données biologiques. Remarque : le nombre de places est limité et les frais d’accès à cette formation seront assumés par BioCanRx et le RCS pour les candidats qui auront suivi toutes les composantes. Des frais seront facturés aux candidats qui ne suivront pas toutes les composantes ou qui n’auront pas assisté à toutes les séances (voir la section Conditions plus bas pour plus de détails).

 ‡ Pour le RCS : un stagiaire de recherche est un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien travaillant dans le domaine des cellules souches et de la médecine régénératrice dans un laboratoire canadien.

Pour BioCanRx : un stagiaire de recherche (travailleur hautement qualifié) est un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien de recherche travaillant actuellement dans le domaine de l’immunothérapie contre le cancer dans un laboratoire canadien.

Objectifs d’apprentissage de l’atelier :
L’atelier proposé consistera en quatre cours en ligne hebdomadaires suivis de petits devoirs à domicile. À la fin de l’atelier, les participants auront acquis une expérience et une compréhension de base des éléments suivants :

  • le langage de programmation R
  • l’environnement de développement intégré RStudio
  • le balisage et la génération de rapports avec knitr
  • les ensembles de données de l’Atlas du génome du cancer (TCGA) par le biais de la bibliothèque R TCGAbiolinks.

Le contenu de l’atelier consistera principalement en des visites guidées des carnets de notes (notebooks) de RStudio. Du temps sera aussi réservé pour interagir avec les participants et répondre à leurs questions. Les carnets de notes seront fournis aux participants et annotés de manière suffisamment détaillée pour que les participants puissent effectuer toutes les analyses sans avoir besoin d’aide supplémentaire. Toute autre diapositive sera fournie sous forme de fichier PowerPoint. L’atelier n’a pas pour but de fournir des connaissances complètes sur l’un ou l’autre des sujets ci-dessus, mais plutôt de donner aux participants une expérience directe de l’utilisation de ces outils et ressources afin qu’ils puissent approfondir ultérieurement la matière de façon indépendante.

Les sujets/thèmes abordés seront :

Séance 1 : RStudio et le langage R

  • Aperçu et portée de l’atelier
  • Présentation de Rstudio
  • Environnements de projets et contrôle des sources
  • Bases du langage R

Séance 2 : Cadres de données, bibliothèques, chargement et sauvegarde des données

  • Bases du langage R (suite)
  • Bibliothèques R
  • Knitr et la génération de rapports
  • Chargement et sauvegarde des fichiers
  • Rédaction d’un programme simple

Séance 3 : Accès aux données expérimentales sur le cancer à l’aide de TCGAbiolinks

  • Vue d’ensemble du TCGA; projets et types de données disponibles
  • La bibliothèque R TCGAbiolinks
  • Téléchargement de données expérimentales (RNAseq de l’adénocarcinome pulmonaire, nombre de lectures mutées et normales)
  • Données cliniques
  • Données expérimentales

Séance 4 : Analyse et visualisation des données

  • Analyse du ratio de changement (fold change) dans les données de lectures de RNA-seq.
  • Représentations en volcan (volcano plots)
  • Représentations ACP
  • Cartes thermiques (heatmaps)
  • Analyse et visualisation de l’enrichissement de l’ontologie génétique

Le contenu de l’atelier est élaboré et présenté par Gareth Palidwor et l’équipe de la Plateforme de bioinformatique d’Ottawa.

Format et dates de l’atelier :
Cet atelier virtuel comprend quatre séances de 60 à 90 minutes chacune, qui se dérouleront chaque semaine les 7, 14, 21 et 28 septembre, à 14 h, HE (11 h, HP).

Endroit où se tiendront les ateliers : En ligne. Un lien vers les cours en ligne sera fourni aux demandeurs acceptés.

Date limite pour présenter une demande : Lundi 25 juillet 2022 à 17 h (heure de l’expéditeur).

Procédure de demande et frais d’inscription :
En raison du caractère interactif de cet événement de formation, le nombre de places à cet atelier en ligne est limité; tous ceux et celles qui souhaitent participer à l’atelier Notions de base du langage R pour les bioscientifiques doivent présenter un formulaire de demande dûment rempli d’ici le lundi 25 juillet 2022 à 17 h (heure de l’expéditeur). Les demandeurs sélectionnés seront avisés au plus tard le 12 août 2022.

Conditions :

  • La date limite pour présenter une demande est le lundi 25 juillet 2022 à 17 h (heure de l’expéditeur).
  • Le nombre de places est limité pour cette importante possibilité de formation. BioCanRx et le RCS rembourseront les coûts d’inscription (payés directement aux organisateurs) à cet événement pour les demandeurs de leur réseau qui auront participé à toutes les séances et qui auront terminé tous les éléments du contenu en ligne de cet événement de formation au cours de la période prescrite. Dans le cas des participants qui n’auront pas réussi à participer aux quatre séances ou à terminer tout le contenu du cours, des frais de 500 $ seront exigés à leur superviseur pour couvrir les coûts associés à la prestation de cet événement de formation.

Admissibilité :

  • (Pour les THQ du RCS) Le demandeur doit être un stagiaire/travailleur hautement qualifié (THQ) du RCS (un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien de recherche travaillant actuellement dans le domaine des cellules souches ou de la médecine régénératrice dans un laboratoire canadien). Les candidats non universitaires sont les bienvenus, mais les candidats universitaires auront la priorité. Des frais de 500 $ seront chargés à tous les candidats non universitaires; ou
  • (Pour les THQ de BioCanRx) Pour présenter une demande, il faut être un stagiaire/travailleur hautement qualifié (THQ) de BioCanRx (un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien de recherche travaillant actuellement dans le domaine de l’immunothérapie contre le cancer dans un laboratoire canadien). La préférence sera accordée aux THQ travaillant dans les laboratoires des chercheurs du réseau BioCanRx actuellement ou précédemment financés. Les candidats non universitaires sont les bienvenus, mais les candidats universitaires auront la priorité. Des frais de 500 $ seront exigés de tous les candidats non universitaires.
  • Si vous n’êtes pas certain d’être considéré comme un THQ du RCS, veuillez communiquer par courriel avec Ellie Arnold, à l’adresse earnold@stemcellnetwork.ca, afin de confirmer votre statut.
  • Si vous n’êtes pas certain d’être considéré comme un THQ de BioCanRx, veuillez communiquer par courriel avec Sarah Ivanco, à l’adresse sivanco@biocanrx.com, afin de confirmer votre statut.
  • Les demandeurs doivent clairement démontrer qu’ils appliqueront les techniques apprises au cours à leurs propres projets de recherche en médecine régénératrice/immunothérapie oncologique dans l’année qui suivra l’atelier.

Exigences relatives à l’atelier :
Les participants devront avoir à leur disposition un ordinateur doté d’un microphone (et d’une caméra si possible) capable d’exécuter le langage R et avoir accès à une connexion Internet haute vitesse. Les participants devront également télécharger des outils informatiques gratuits avant de participer à l’atelier et seront informés des logiciels requis après leur inscription à l’atelier. Les participants devront prévoir un second moniteur ou écran pour pouvoir utiliser les outils informatiques et visionner la séance d’atelier simultanément.

Procédure de demande :

  1. Présentez votre demande en suivant ce lien d’ici le lundi 25 juillet 2022.
  2. En plus du formulaire de demande dûment rempli, une lettre d’appui de votre superviseur actuel expliquant comment votre participation à l’atelier TERMIS-AM 2022 et à l’atelier pré-conférence sur la bio-impression 3D profitera à ses recherches et à l’ensemble du programme de recherche de son laboratoire.

Pour les stagiaires du RCS : la lettre du superviseur doivt être envoyée par courriel directement à Ellie Arnold, à l’adresse earnold@stemcellnetwork.ca en même temps que vous soumettez vos documents en ligne.

Pour les THQ de BioCanRx : la lettre du superviseur doit être envoyée par courriel directement à Ellie Arnold, à l’adresse earnold@stemcellnetwork.ca en même temps que vous soumettez vos documents en ligne.

Un courriel de confirmation sera envoyé par le RCS dans les 24 heures suivant la réception de la lettre d’appui. Si AUCUN courriel de confirmation N’EST reçu du RCS dans les 24 heures suivant la transmission de la demande, c’est au demandeur qu’incombera la responsabilité de communiquer avec le RCS et de s’assurer que tous les documents liés à sa demande ont été reçus par le RCS.

  1. Les comités de formation et d’éducation de BioCanRx et du RCS examineront toutes les demandes remplies et les candidats seront informés des résultats du concours au cours d’ici le 12 août 2022.

Exigences en matière de rapports et de communications :
En échange de leur participation à l’atelier, les participants doivent accepter de fournir un rapport décrivant la valeur des occasions de formation et de réseautage offertes grâce à la bourse. Ces informations seront utilisées à la discrétion du RCS sur son site Web, dans ses bulletins d’information et dans le but de faire rapport à ses organismes subventionnaires. En s’inscrivant à cet atelier, les participants acceptent également de se faire photographier pendant l’atelier; ces photographies pourront être utilisées dans les documents mentionnés ci-dessus. Veuillez noter que le remboursement des frais ne sera traité qu’une fois que le RCS aura reçu l’état des frais.

Questions :
Pour toute question concernant cet atelier ou la demande d’inscription, veuillez vous adresser à Ellie Arnold, à l’adresse earnold@stemcellnetwork.ca.

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