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Notions de base du langage R pour les chercheurs en biologie

Le traitement de grands ensembles de données biologiques est désormais une activité de routine pour les chercheurs dans les domaines du cancer et de la médecine régénératrice. R est un langage de script populaire qui est devenu un outil commun pour la gestion des ensembles de données biologiques, mais la flexibilité et la puissance de R peuvent être difficiles à maîtriser pour les nouveaux utilisateurs. Afin d’aider les chercheurs à s’y retrouver, BioCanRx et le Réseau de cellules souches se sont associés pour offrir un atelier d’initiation en plusieurs séances qui permettra aux scientifiques d’acquérir les connaissances fondamentales nécessaires pour utiliser R dans leurs travaux. L’atelier s’adresse aux chercheurs qui ont peu ou pas d’expérience de programmation.

Format et dates de l’atelier:

Cet atelier virtuel comprend quatre séances de 60 à 90 minutes chacune qui se dérouleront sur quatre semaines, soit les 22 et 29 septembre et les 6 et 13 octobre 2021, à 14 h, heure de l’Est (11 h, heure du Pacifique).

À qui s’adresse l’atelier?

Cet atelier sur le langage R est conçu pour les chercheurs dans les domaines de l’immunothérapie oncologique et de la médecine régénératrice qui cherchent à comprendre le langage de script R et comment il peut être utilisé pour analyser des ensembles de données biologiques. Remarque : le nombre de places est limité et les frais d’accès à cette formation seront assumés par BioCanRx et le RCS pour les candidats qui auront suivi toutes les composantes. Des frais seront facturés aux candidats qui ne suivront pas toutes les composantes ou qui n’auront pas assisté à toutes les séances (voir les conditions ci-dessous pour plus de détails).

Objectifs d’apprentissage de l’atelier

L’atelier proposé consistera en quatre cours en ligne hebdomadaires suivis de petits devoirs à faire chez soi. À la fin de l’atelier, les participants auront acquis une expérience et une compréhension de base des éléments suivants :

  • le langage de programmation R
  • l’environnement de développement intégré RStudio
  • le balisage et la génération de rapports avec knitr
  • les ensembles de données de l’Atlas du génome du cancer (TCGA) par le biais de la bibliothèque R TCGAbiolinks.

L’atelier consistera principalement en des visites guidées des carnets de notes de RStudio et à des périodes de temps réservées pour une interaction avec les participants et la réponse à leurs questions. Les carnets de notes seront fournis aux participants et annotés de manière suffisamment détaillée pour que les participants puissent effectuer toutes les analyses sans avoir besoin d’aide supplémentaire. Toute autre diapositive sera fournie sous forme de fichier PowerPoint. L’atelier n’a pas pour but de fournir des connaissances complètes sur l’un ou l’autre des sujets ci-dessus, mais plutôt de donner aux participants une expérience directe de l’utilisation de ces outils et ressources afin qu’ils puissent approfondir ultérieurement la matière de façon indépendante.

Voici une ébauche des sujets qui seront abordés lors de chaque séance :

Séance 1 : RStudio et le langage R

  • Aperçu et portée de l’atelier
  • Présentation de Rstudio
  • Environnements de projets et contrôle des sources
  • Bases du langage R

Séance 2 : Cadres de données, bibliothèques, chargement et sauvegarde des données

  • Bases du langage R (suite)
  • Bibliothèques R
  • Knitr et la génération de rapports
  • Chargement et sauvegarde des fichiers
  • Rédaction d’un programme simple

Séance 3 : Accès aux données expérimentales sur le cancer à l’aide de TCGAbiolinks

  • Aperçu du TCGA; projets et types de données disponibles
  • La bibliothèque R TCGAbiolinks
  • Téléchargement des données expérimentales (RNA-seq de l’adénocarcinome pulmonaire, nombre de lectures mutées et normales)
  • Données cliniques
  • Données expérimentales

Séance 4 : Analyse et visualisation des données

  • Analyse du ratio de changement (fold change) dans les données de lectures de RNA-seq
  • Représentations en volcan (volcano plots)
  • Représentations ACP
  • Cartes thermiques (heatmaps)
  • Analyse et visualisation de l’enrichissement de l’ontologie génétique

Le contenu de l’atelier est élaboré et présenté par Gareth Palidwor et l’équipe de la Plateforme de bioinformatique d’Ottawa.

Endroit où se tiendra l’atelier : 

en ligne. Un lien vers les séances en ligne sera fourni aux demandeurs acceptés.

Procédure et date limite de candidature :

à cause du caractère interactif de cet événement de formation, le nombre de places à cet atelier en ligne est limité ; tous ceux et celles qui souhaitent participer à l’atelier Notions de base du langage R pour les chercheurs en biologie doivent présenter un formulaire de demande dûment rempli d’ici le jeudi 26 août 2021 à 23 h 59 (heure de l’expéditeur).

Les candidats choisis en seront avisés d’ici le mardi 7 septembre 2021 et recevront des instructions pour s’inscrire à l’atelier.

Conditions:
  • La date limite pour présenter une demande est le jeudi 26 août 2021 à 23 h 59 (heure de l’expéditeur).
  • Le nombre de places est limité pour cette importante possibilité de formation. Le BioCanRx et le RCS rembourseront les coûts d’inscription (payés directement aux organisateurs) à cet événement pour les demandeurs de leur réseau qui auront participé à toutes les séances et qui auront terminé tous les éléments du contenu en ligne de cet événement de formation au cours de la période prescrite. Dans le cas des participants qui n’auront pas réussi à participer à toutes les séances ou à terminer tout le contenu, des frais de 500 $ seront exigés à leur superviseur pour couvrir les coûts associés à la prestation de cet événement de formation.
Admissibilité à une aide pour participer à l’atelier :  
  • Pour présenter une demande, il faut être un stagiaire/employé hautement qualifié (EHQ) du RCS (un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien de recherche travaillant actuellement dans le domaine des cellules souches ou de la médecine régénératrice dans un laboratoire canadien.) Les candidats non universitaires sont les bienvenus, mais les candidats universitaires auront la priorité. Des frais de 500 $ seront chargés à tous les candidats non universitaires ; ou
  • Pour présenter une demande, il faut être un stagiaire/employé hautement qualifié (EHQ) de BioCanRx (un étudiant diplômé, un étudiant postdoctoral, un associé de recherche et/ou un technicien de recherche travaillant actuellement dans le domaine de l’immunothérapie oncologique dans un laboratoire canadien.) Les candidats non universitaires sont les bienvenus, mais les candidats universitaires auront la priorité. Des frais de 500 $ seront chargés à tous les candidats non universitaires.
  • Si vous n’êtes pas certain d’être considéré comme un EHQ du RCS, veuillez communiquer par courriel avec Rebecca Cadwalader, à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca, afin de confirmer votre statut.
  • Si vous n’êtes pas certain d’être considéré comme un EHQ de BioCanRx, veuillez communiquer par courriel avec Megan Mahoney, à l’adresse memahoney@biocanrx.com, afin de confirmer votre statut.
  • Les demandeurs doivent clairement démontrer qu’ils appliqueront les techniques apprises au cours à leurs propres projets de recherche en médecine régénératrice/immunothérapie oncologique dans l’année qui suivra l’atelier.
 Procédure de demande :
  1. Pour les demandeurs du RCS : Veuillez remplir le formulaire de demande et le retourner, ainsi que toute la documentation requise, par courriel, à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca  avant le jeudi 26 août 2021 à 23 h 59 (heure de l’expéditeur)
  2. Pour les demandeurs de BioCanRx : Veuillez remplir le formulaire de demande et le retourner, ainsi que toute la documentation requise, par courriel, à l’adresse memahoney@biocanrx.com avant le jeudi 26 août 2021 à 23 h 59 (heure de l’expéditeur)
  3. Les comités de formation et d’éducation de BioCanRx et du RCS examineront toutes les demandes remplies et les candidats seront informés des résultats du concours au cours d’ici le mardi 7 septembre 2021

Exigences relatives à l’atelier :

Les participants devront avoir à leur disposition un ordinateur doté d’un microphone (et d’une caméra si possible) capable d’exécuter le langage R et avoir accès à une connexion Internet haute vitesse. Les participants devront également télécharger des outils informatiques gratuits avant de participer à l’atelier et seront informés des logiciels requis après leur inscription à l’atelier. Les participants devront prévoir un second moniteur ou écran pour pouvoir utiliser les outils informatiques et visionner la séance d’atelier simultanément.

Exigences en matière de rapports et de communication :

En échange de leur participation à l’atelier, les participants doivent accepter de remplir après la formation un sondage d’évaluation de l’événement décrivant la valeur des occasions de formation offertes par ce programme. Ces informations seront utilisées à la discrétion du RCS sur son site Web, dans ses bulletins d’information et dans le but de faire rapport à ses organismes subventionnaires.

Questions: 

Pour toute question concernant cet atelier ou la demande d’inscription, veuillez vous adresser à Rebecca Cadwalader (RCS), à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca, ou à Megan Mahoney (BioCanRx), à l’adresse memahoney@biocanrx.com.

 

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