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Atelier d’analyse de séquençage de l’ARN

À NOTER : cet atelier sera maintenant offert sous forme d’ACTIVITÉ EN LIGNE

 Prière de noter que les dates de l’atelier principal sont inchangées (9 au 11 juin 2021) et qu’il faut toujours présenter une demande pour participer à cet atelier en ligne. La nouvelle date limite de présentation des demandes est le jeudi 13 mai 2021. Les exigences de participation (énumérées ci-après) ont été modifiées. Assurez-vous de répondre à toutes les exigences avant de présenter une demande. Le volet « travaux pratiques » de l’atelier aura lieu lors de la dernière journée (11 juin). Pour accommoder tous les participants, quel que soit leur fuseau horaire, les ateliers se dérouleront de 11 h à 17 h (HNE).

Introduction
Le déchiffrage des mécanismes moléculaires à la base des décisions relatives au destin des cellules souches reste l’une des grandes missions de la biologie des cellules souches. Les technologies « ‑omiques » de pointe sont devenues un outil important dans le pipeline de découvertes et elles suscitent un intérêt accru chez les biologistes des cellules souches pour l’apprentissage de ces techniques. Cependant, des problèmes techniques et d’autres problèmes pratiques limitent souvent la capacité des biologistes des cellules souches à maximiser la quantité d’informations pouvant être exploitées à partir de grands ensembles de données.

Le Réseau de cellules souches (RCS) a le plaisir d’offrir à nouveau l’atelier de 2 jours sur l’analyse de séquençage de l’ARN, avec des séances portant sur l’analyse de séquençage de l’ARN d’ensembles de cellules et aussi de cellules individuelles. La deuxième partie de l’atelier (volet de travaux pratiques), uniquement offerte sur invitation, sera réservée aux stagiaires qui disposent de leurs propres données de séquençage de l’ARN, et la séance du 11 juin sera consacrée à l’analyse de ces données avec l’aide des instructeurs de l’atelier.

Qui devrait participer?
Cet atelier d’analyse de séquençage de l’ARN est destiné aux biologistes des cellules souches (et autres utilisateurs finaux) qui souhaitent comprendre les concepts et les processus de la bio-informatique utilisés pour acquérir, analyser et interpréter des données de séquençage de l’ARN d’ensembles de cellules et aussi de cellules individuelles. Remarque : le nombre de places est limité, mais les frais d’accès à cette importante possibilité de formation seront couverts par le RCS pour les participants qui auront terminé tous les éléments de la formation; des frais seront exigés pour les demandeurs qui n’auront pas participé à toutes les séances ou qui ne les auront pas toutes terminées (voir les « Conditions », plus loin, pour de plus amples informations).

Objectifs d’apprentissage de l’atelier
Grâce aux conférences interactives et aux exercices de laboratoire informatique, les participants seront exposés au pipeline d’acquisition et d’analyse de données de séquençage de l’ARN et ils acquerront une formation pratique à l’aide des outils disponibles pour l’analyse des réseaux et des voies de données « ‑omiques » (accent mis sur les données de séquençage de l’ARN, mais applicable aux données obtenues à partir d’autres plateformes telles que ChIP-seq, les microréseaux ou la spectrométrie de masse). Les objectifs clés de l’atelier sont les suivants :

  • Obtenir une connaissance de base des technologies de séquençage de l’ARN d’ensembles de cellules et de cellules individuelles.
    • Apprendre à traiter les données brutes de SNG de l’ARN dans l’analyse différentielle de l’expression génique.
  • Comprendre les différents essais statistiques utilisés pour analyser les ensembles de gènes.
  • Acquérir de l’expérience pratique avec les outils d’analyse de l’enrichissement fonctionnel des gènes.
  • Acquérir de l’expérience dans l’analyse des données de séquençage de l’ARN de cellules individuelles.

L’atelier est organisé par le Dr William Stanford, le Dr Ted Perkins, M. David Cook et la Plateforme de bio-informatique de l’Université d’Ottawa

Format et dates de l’atelier :
l’atelier sera constitué d’une série de séances en ligne offertes en journée les 9 et 10 juin 2021 et d’une séance d’analyse guidée individuelle pour les participants au volet des travaux pratiques, qui aura lieu le 11 juin 2021. Les participants doivent s’engager à participer à toutes les séances.  

(Notez que le nombre de participants aux séances pratiques du 11 juin est limité et que ces séances sont ouvertes uniquement aux stagiaires qui disposent de leurs propres ensembles de données prêts à être analysés. La participation se fera sur invitation.)

Lieu de l’atelier : cet atelier aura maintenant lieu en ligne. Un hyperlien donnant accès aux séances en ligne sera transmis aux candidats retenus.

Date limite d’inscription : le jeudi 13 mai 2021

Processus de demande
En raison de l’aspect interactif de cette activité de perfectionnement, le nombre de participants à l’atelier est limité. Toutes les personnes qui souhaitent participer à l’atelier d’analyse de séquençage de l’ARN doivent soumettre leur candidature d’ici le jeudi 13 mai 2021.

Les candidats retenus seront avisés d’ici le mardi 25 mai et seront informés de la marche à suivre pour s’inscrire à l’atelier.

Conditions :

  • La date limite de soumission des candidatures est le jeudi 13 mai 2021, à 23 h 59 (heure de l’expéditeur).
  • Le nombre de places est limité pour cette importante possibilité de formation. Le RCS couvrira les frais d’inscription à cet événement (payés directement aux organisateurs) pour les demandeurs qui auront participé à toutes les séances et qui auront terminé tous les éléments du contenu en ligne de cet événement de formation au cours de la période prescrite. Dans le cas des participants qui n’auront pas réussi à participer à toutes les séances ou à terminer tout le contenu, des frais de 500 $ seront exigés à leur superviseur pour couvrir les coûts associés à la prestation de cet événement de formation.

Admissibilité à la bourse du RCS :

  • Les candidats doivent être stagiaires membres du personnel hautement qualifié du RCS (étudiants diplômés, boursiers postdoctoraux, associés de recherche ou techniciens travaillant dans le domaine des cellules souches et de la médecine régénérative dans un laboratoire canadien). Les candidats non universitaires peuvent présenter une demande, mais la priorité sera accordée aux candidats universitaires. Des frais de 500 $ seront facturés à tous les demandeurs non universitaires.
  • Si vous ne savez pas si vous êtes un membre du PHQ du RCS, veuillez envoyer un courriel à Rebecca Cadwalader à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca pour obtenir une confirmation.
  • Les candidats doivent travailler à un projet de recherche lié aux cellules souches.
  • Les candidats doivent clairement démontrer qu’ils appliqueront les techniques apprises dans le cadre de leur propre projet de recherche sur les cellules souches dans un délai d’un an.

Processus de demande :

  1. Remplissez le formulaire de demande et retournez-le, accompagné de tout document supplémentaire requis, par courrier électronique à rcadwalader@stemcellnetwork.ca, au plus tard à 23 h 59 (heure de l’expéditeur), le jeudi 13 mai 2021.
  2. Les comités de formation et d’éducation du RCS examineront toutes les demandes dûment remplies et les candidats seront informés des résultats du concours au plus tard le mardi 25 mai 2021.

Exigences de l’atelier :
Veuillez prendre note que les participants à cet atelier doivent utiliser un ordinateur doté d’un microphone (et d’une caméra, si possible) et qui doit également pouvoir exécuter Oracle Java 7, de même qu’une connexion Internet haute vitesse. Les participants devront également télécharger des outils logiciels gratuits avant de participer à l’atelier et ils seront informés des logiciels requis après leur inscription à l’atelier. Les participants doivent aussi pouvoir se brancher à un deuxième écran pour pouvoir utiliser les outils logiciels tout en visionnant l’atelier en direct.

Exigences en matière de rapport et de communication :
En acceptant de participer à cet atelier, le récipiendaire accepte de fournir un rapport décrivant la valeur de la formation obtenue grâce à la bourse. Ces renseignements seront utilisés, à la discrétion du RCS sur leur site Web, dans leurs bulletins d’information et dans leurs rapports aux organismes de financement.

Questions :
Pour plus d’informations sur cet atelier ou pour toute demande relative à une demande, veuillez communiquer avec Rebecca Cadwalader à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca.

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