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Atelier d’analyse de séquençage de l’ARN

Introduction

Le déchiffrage des mécanismes moléculaires à la base des décisions relatives au destin des cellules souches reste l’une des grandes missions de la biologie des cellules souches. Les technologies « ‑omiques » de pointe sont devenues un outil important pour le pipeline de découvertes et elles suscitent un intérêt accru chez les biologistes des cellules souches pour l’apprentissage de cette technique. Cependant, des problèmes techniques et d’autres problèmes pratiques limitent souvent la capacité des biologistes des cellules souches à maximiser la quantité d’informations pouvant être exploitées à partir de grands ensembles de données. Ces limitations sont entre autres les suivantes : 1) la compréhension insuffisante du fonctionnement du séquençage de nouvelle génération (SNG) et de la manière dont les données brutes du SNG sont acquises, traitées et analysées; 2) des problèmes liés à la conception expérimentale appropriée; 3) le faible nombre de cellules souches disponibles pour l’analyse génomique; 4) la compréhension limitée des outils disponibles pour analyser et interpréter des listes de gènes obscures.

Le Réseau de cellules souches (RCS) et l’Institut ontarien de la médecine régénérative (IOMR) ont le plaisir d’offrir à nouveau l’atelier de 2 à 3 jours sur l’analyse de séquençage de l’ARN. Cet atelier, qui a déjà connu un grand succès comprendra un module d’analyse de cellules uniques de séquençage de l’ARN qui a été élargi pour répondre à un besoin croissant, comme ce fut le cas l’année dernière. Le troisième jour de cet atelier est réservé aux stagiaires invités qui disposent de leurs propres données de séquençage de l’ARN, et il sera consacré à l’analyse de ces données en commençant par les alignements générés pendant la nuit du deuxième jour.

Qui devrait être présent?

Cet atelier d’analyse de séquençage de l’ARN est destiné aux biologistes des cellules souches (et autres utilisateurs finaux) qui souhaitent comprendre les concepts et les processus de la bioinformatique utilisés pour acquérir, analyser et interpréter des données du SNG.

Objectifs d’apprentissage de l’atelier

Grâce aux conférences interactives et aux exercices de laboratoire informatique, les participants seront exposés au pipeline d’acquisition et d’analyse de données de séquençage de l’ARN et ils acquerront une formation pratique à l’aide des outils disponibles pour l’analyse des réseaux et des voies de données « ‑omiques » (accent mis sur les données de séquençage de l’ARN, mais applicable aux données obtenues à partir d’autres plateformes telles que ChIP-seq, les microréseaux ou la spectrométrie de masse). Les participants à l’atelier auront également l’occasion de poser des questions à d’autres biologistes des cellules souches et bioinformaticiens au cours de cet atelier et de faire du réseautage avec eux. Les objectifs clés abordés dans le cours sont les suivants :

  • Introduction au flux de travail et aux technologies de SNG, l’accent étant mis sur le séquençage de l’ARN.
    • Apprendre à traiter les données brutes de SNG de l’ARN dans des listes de gènes.
  • Comprendre les différents essais statistiques utilisés pour analyser les ensembles de gènes.
  • Formation pratique permettant de déterminer l’enrichissement fonctionnel de gènes dans une liste de gènes à l’aide de GSEA et de gProfiler.
  • Formation pratique sur les outils de visualisation de réseau, notamment Cytoscape et Enrichment Maps.
  • Formation pratique sur les outils d’analyse des réseaux et des voies.
  • Apprendre à effectuer une analyse d’ARN unicellulaire au moyen de séminaires et de travaux pratiques.

Dates de l’atelier : 16, 17 et 18 octobre 2019
(Notez que le nombre de participants aux séances du 18 octobre est limité et que ces séances sont ouvertes uniquement aux stagiaires qui disposent de leurs propres ensembles de données prêts à être analysés. La participation se fera sur invitation.)

Lieu de l’atelier : Pavillon Roger-Guindon, pièce 2112, Université d’Ottawa, Ottawa, Ont.

Date limite d’inscription : le mercredi 28 août 2019

Processus de demande et frais d’inscription

Le nombre de participants à cet atelier est limité; toutes les personnes qui souhaitent participer à l’atelier d’analyse de séquençage de l’ARN doivent soumettre leur candidature avant le mercredi 28 août 2019.

Les candidats sélectionnés seront avisés d’ici le vendredi 6 septembre et seront informés de la marche à suivre pour s’inscrire à l’atelier.

Frais d’inscription pour l’atelier de deux jours ($ CAN) :

  • Stagiaires de l’IOMR* :  450 $
  • Stagiaires du RCS ‡ : 450 $
  • Chercheurs du RCS ou de l’IOMR : 500 $
  • Personnes autres que les stagiaires ou chercheurs du RCS ou de l’IOMR : 700 $
  • Scientifiques de l’industrie : 1 000 $

Les frais supplémentaires de participation au troisième jour de l’atelier sont de 225 $.

* Les stagiaires de l’IOMR correspondent aux étudiants diplômés, aux boursiers post-doctoraux, aux associés de recherche et/ou aux techniciens de recherche travaillant actuellement dans le laboratoire d’un chercheur principal de l’IOMR.

‡ Les stagiaires du RCS correspondent aux étudiants diplômés, aux boursiers post-doctoraux, aux associés de recherche et/ou aux techniciens de recherche travaillant actuellement dans le domaine des cellules souches et de la médecine régénérative dans un laboratoire canadien.

Soutien financier offert
L’Institut ontarien de médecine régénérative (IOMR) et le Réseau de cellules souches (RCS) offrent un nombre limité de bourses de voyage permettant aux stagiaires admissibles d’assister à cet atelier. La candidature des stagiaires qui soumettent une demande de participation sera automatiquement prise en considération en vue d’une aide financière ou d’une bourse de voyage par le réseau approprié.

Processus détaillé de demande et d’attribution des bourses de l’IOMR/du RCS :
Les bourses de l’IOMR/du RCS fournissent une aide financière aux stagiaires de l’IOMR/du RCS pour qu’ils assistent à l’atelier d’analyse de séquençage de l’ARN offert du 16 au 18 octobre 2019 et organisé par les Drs William Stanford, Ted Perkins, David Cook et Gareth Palidwor, à l’Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa.

Conditions :

  • La date limite de soumission des candidatures est le mercredi 28 août 2019, à 23 h 59 (heure de l’expéditeur).
  • La bourse de l’IOMR/du RCS couvrira les frais de voyage associés à la participation à l’atelier pour les stagiaires provenant de régions autres que celle d’Ottawa (les frais de déplacement vers/depuis le lieu de l’atelier, jusqu’à trois nuits d’hébergement en chambre partagée à l’hôtel de notre choix (la nuit précédant l’atelier, les nuits des jours 1 et 2, le départ s’effectuant le jour 3) et les repas non fournis pendant l’atelier).
  • Le remboursement sera traité après l’atelier et conformément à la politique de voyage de l’IOMR ou à la politique de réservation et de remboursement des voyages du RCS (les politiques seront fournies aux candidats sélectionnés).
  • L’hébergement pendant le cours sera fourni aux stagiaires provenant de régions autres que celle d’Ottawa. Deux stagiaires du même sexe peuvent être tenus de partager une chambre.
  • La bourse de l’IOMR et la bourse du RCS couvriront également les frais d’inscription à l’atelier (payés directement aux organisateurs).

Admissibilité à la bourse de l’IOMR/du RCS :

  • Les candidats doivent être stagiaires de l’IOMR (étudiants diplômés ou boursiers postdoctoraux travaillant dans le laboratoire d’un chercheur principal de l’IOMR) ou membres du personnel hautement qualifié du RCS (étudiants diplômés, boursiers postdoctoraux, associés de recherche ou techniciens travaillant dans le domaine des cellules souches et de la médecine régénérative dans un laboratoire canadien).
  • Si vous ne savez pas si vous êtes un stagiaire de l’IOMR, veuillez consulter la liste des scientifiques de l’IOMR pour voir si votre superviseur fait partie de l’IOMR ou communiquez avec jodi.garner@oirm.ca.
  • Si vous ne savez pas si vous êtes un membre du PHQ du RCS, veuillez envoyer un courriel à Rebecca Cadwalader à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca pour obtenir une confirmation.
  • Les candidats doivent travailler à un projet de recherche lié aux cellules souches.
  • Les candidats doivent clairement démontrer qu’ils appliqueront les techniques apprises dans le cadre de leur propre projet de recherche sur les cellules souches dans un délai d’un an.

 Processus de demande :

  1. Remplissez le formulaire de demande et retournez-le, accompagné de tout document supplémentaire requis, par courrier électronique à rcadwalader@stemcellnetwork.ca, au plus tard à 23 h 59 (heure de l’expéditeur), le mercredi 28 août 2019.
  2. Les comités de formation et d’éducation de l’IOMR/du RCS examineront toutes les demandes dûment remplies et les candidats seront informés des résultats du concours au plus tard le vendredi 6 septembre 2019.

Exigences de l’atelier :
Veuillez prendre note que les participants à cet atelier doivent utiliser leur propre ordinateur portable, qui doit également pouvoir exécuter Oracle Java 7. Vous devez vérifier si votre ordinateur portable est capable d’exécuter Oracle Java 7 avant de faire une demande de bourse de voyage à l’IOMR/au RCS. Les participants devront également télécharger des outils logiciels gratuits avant de participer à l’atelier et ils seront informés des logiciels requis après leur inscription à l’atelier.

Exigences en matière de rapport et de communication :
En acceptant une bourse de l’IOMR/du RCS, le récipiendaire accepte de fournir un rapport décrivant la valeur de la formation et des occasions de réseautage obtenues grâce à la bourse. Ces renseignements seront utilisés, à la discrétion de l’IOMR/du RCS sur leur site Web, dans leurs bulletins d’information et dans leurs rapports aux organismes de financement. En s’inscrivant à cet atelier, les participants acceptent également de se faire photographier pendant l’atelier et que ces photographies soient utilisées dans les outils de compte rendu mentionnés ci-dessus. Veuillez noter que le remboursement des dépenses ne sera traité qu’une fois le rapport complet reçu.

 Questions :
Pour plus d’informations sur cet atelier ou pour toute demande relative à une demande, veuillez communiquer avec Rebecca Cadwalader à l’adresse rcadwalader@stemcellnetwork.ca.

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